Mil anos antes dos eventos do game, o Grande Cristal foi destruído por um meteorito que carregava uma forma alienígena com o nome de Meteor Parasite. Esse parasita gerou um vapor tóxico chamado Miasma que mata qualquer ser que o toque. Fragmentos restantes do Grande Cristal afastam o Miasma dos sobreviventes com a ajuda de mirra, uma energia da árvore mágica.

Final Fantasy Crystal Chronicles é um game que expande o universo da franquia Final Fantasy. O jogador assume o controle de um grupo de aventureiros que buscam árvores raras que produzem mirra, para abastecer a energia de cristais que protegem os assentamentos do veneno de Miasma. O jogador enfrenta vários perigos explorando masmorras na qual as árvores se encontram.

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